20世(shì )紀(jì )末(mò )の現代、高校生の火野ヤマトは体育館で自分の名を呼ぶ巨大な「魔神」の幻影を見る。幻を振り払おうとするヤマトであったが、「魔神」とともに「見知らぬ女性」の声が聞こえたとき、ヤマトは声に歩み寄ってしまう。 ヤマトが「魔神(shén )」によって運(yùn )ばれた先(xiān )は1万(wàn )年(nián )前(qián )に地(dì )殻(què )変(biàn )動で海に沈んだはずのムー大陸であった。訳が判らないヤマトに対しムーの民たちは彼を「マジンガーが選んだ救世主」と持ち上げる。彼らムーの民の守護神こそ、彼を現代から過去に運んだゴッドマジンガーであった。そんな折、ムーの民(mín )と拮(jié )抗(kàng )する勢(shì )力(lì )であるドラゴニ